Podczas inwentaryzacji ptaków lęgowych, przelotnych i zalatujacych na obszarze PNBT stwierdzono obecność 100 gatunków, z czego do awifauny lęgowej zaliczono 87 gatunki. Najliczniej reprezentowane były rodziny: kaczkowate (Anatidae) - 14 gatunków, drozdowate (Turdidae) i pokrzewkowate (Sylvidae) - po 8 gatunków, jastrzębiowate (Accipitridae) i sikory (Paridae) - po 6 gatunków, łuszczaków (Fringillidae) i dzięciołów (Picidae) - po 5 gatunków. Ochrona ścisłą objętych jest 85 gatunków, a częściową 5 gatunków.

Łabędź niemy Cygnus olor - wędrowny ptak wodny z rodziny kaczkowatych. Dawniej łabędzie odlatywały na zimę w cieplejsze rejony Europy, a obecnie ze względu na niewłaściwe dokarmianie w zdecydowanej większości zimują w naszym kraju. Samce są większe od samic, dorosłe osobniki białe, dziób pomarańczowy, u nasady czarna narośl (większa u samców). Nogi czarne. Młodociane ptaki są szare (białe od 3. roku życia). Dorosłe osobniki nie nurkują, choć pisklęta posiadają tę umiejętność. Długość ciała ok. 150 - 170 cm, rozpiętość skrzydeł ok. 235 cm, waga ok. 8 - 12,5 kg. Gniazdo buduje w trzcinach, pływające, rzadziej na lądzie lub w innych trudno dostępnych miejscach. W ciągu roku wyprowadza jeden lęg, składając 5 do 9 jaj w kwietniu lub maju. Jaja wysiadywane są przez okres 35 dni tylko przez samicę, podczas gdy samiec pozostaje w pobliżu broniąc w razie potrzeby gniazda. Pisklęta są zagniazdownikami, opiekują się nimi zarówno samiec jak i samica. Zdolność do lotu uzyskują po około 4 - 5 miesiącach. Łabędzie żywią się pokarmem roślinnym.

Żuraw Grus grus - występuje na bagnach, torfowiskach, nad jeziorami i w lasach bagiennych, w oddaleniu od siedzib ludzkich, ale żeruje na łąkach i polach uprawnych. Podczas przelotów stada lecą w kluczach i wydają głośny "klangor". Bardzo płochliwy i czujny. Rozpiętość skrzydeł do 240 cm, waga 5-6 kg. Przylatuje w marcu i kwietniu, odlot we wrześniu i październiku. Gniazdo buduje zawsze na ziemi, na lekkim wzniesieniu z bezładnie ułożonego materiału w postaci zbutwiałych roślin, o średnicy ok. 80 cm. Jeden lęg w roku w połowie kwietnia. Zniesienie przeważnie z 2 jaj o średnich wymiarach 98x63 mm, silnie wydłużonych, o tle szarozielonym lub szarożółtym. Wysiadywanie jaj przez obydwu rodziców ok. 30 dni. Pisklęta opuszczają gniazdo po ok. 65 dniach.

Bąk Botaurus stellaris – jest gatunkiem wpisanym do Polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt w kategorii LC; w Polsce jest objęty ochroną gatunkową , objęty jest także Konwencjami Berneńską i Bońską. Jest gatunkiem zagrożonym w skali regionu kujawsko – pomorskiego (kategoria zagrożenia – V). Typowe miejsca lęgowe dla tego gatunku to większe eutroficzne zbiorniki wód stojących z rozległymi obszarami zwartych trzcin, a także doły potorfowe.

Gągoł Bucephala clangula – jest gatunkiem podlegającym ochronie gatunkowej w Polsce. Nie jest gatunkiem zagrożonym w skali regionu kujawsko - pomorskiego. Typowe środowisko dla tego gatunku to głębokie jeziora i rzeki z czystą wodą w otoczeniu wysokich lasów lub kęp starych, dziuplastych drzew; gniazdo zakłada w obszernej dziupli w niezbyt dużej odległości od wody (wyjątkowo do 1 km), niekiedy gniazdo zakłada pod wykrotami drzew. Na obszarze Zaborskiego Parku Krajobrazowego, w latach 1984-1991, miał on status nielicznego, względnie średnio licznego gatunku lęgowego. Przybysz (1993a) szacował liczebność populacji lęgowej gągoła na 40-60 par rozproszonych na wielu śródleśnych zbiornikach. Obecnie w Parku Narodowym Bory Tucholskie pary lęgowe odnotowano na siedmiu jeziorach. W okresie migracji jesiennej obserwowano w grupach liczących od kilku do kilkudziesięciu osobników (jezioro Ostrowite – około 50 osobników).

Błotniak stawowy Circus aeruginosus – podlega ochronie gatunkowej w Polsce, a także Konwencji Berneńskiej i Bońskiej oraz Dyrektywie Rady Wspólnoty Europejskiej dotyczącej Ochronie Dzikich Ptaków. Typowe środowisko występowania dla tego gatunku to podmokłe łąki, wikliny, gniazduje nad jeziorami i niewielkimi zbiornikami w rozległych łanach szuwarów (przede wszystkim szuwaru trzcinowego) lub na wyspie z wysoką roślinnością zielną; gniazduje na ziemi w gęstych trzcinach.  Pary lęgowe błotniaka stawowego notowane są nad jeziorem Ostrowite.

Słonka Scolopax rusticola – jest gatunkiem łownym z wyznaczonym okresem ochronnym, w skali Borów Tucholskich należy do grupy gatunków ptaków zagrożonych wyginięciem. Gnieździ się głównie w olsach, łęgach, bagiennych brzezinach i grądach oraz wilgotnych lasach sosnowych. Częściej w większych kompleksach leśnych. Na obszarze Parku Narodowego Bory Tucholskie stwierdzona była w okresie lęgowym jedynie w okolicach jeziora Ostrowite.

Włochatka Aegolius funereus – jest gatunkiem wpisanym do Polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt w kategorii LC; podlega ochronie gatunkowej. Objęta jest Konwencją Berneńską i Dyrektywą Ptasią UE. Nie jest gatunkiem zagrożonym w skali regionu Borów Tucholskich. Typowe środowisko występowania dla tego gatunku to rozległe, wysokopienne stare bory świerkowe lub sosnowe z domieszką świerków; gniazduje w dziuplach. W Parku Narodowym Bory Tucholskie stwierdzono ten gatunek w okresie lęgowym .

Puchacz Bubo bubo – jest gatunkiem wpisanym do Polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt w kategorii NT; podlega Konwencji Waszyngtońskiej, Berneńskiej oraz Dyrektywie Ptasiej UE; w Polsce podlega ochronie gatunkowej, także jest gatunkiem zagrożonym w skali regionu Borów Tucholskich. Ptak ten gnieździ się głównie w różnych typach borów sosnowych, najczęściej z domieszką świerka, rosnących w pobliżu rzek i jezior oraz śródleśnych torfowisk, często zajmuje opuszczone gniazda dużych ptaków, umieszczone w środkowej części korony drzewa. Gatunek ten nie wykazuje szczególnych wymagań środowiskowych, a nie zbędnym warunkiem jego obecności jest spokój.

Lelek Caprimulgus europaeus – jest gatunkiem zagrożonym w skali regionu Borów Tucholskich i podlega w Polsce ochronie gatunkowej. Gnieździ się głównie w suchych, rzadziej świeżych borach sosnowych i brzozowo – sosnowych, najczęściej w pobliżu zrębów, upraw i młodników albo suchych pól.

Dzięcioł czarny Dryocopus martius - jest gatunkiem podlegającym w Polsce ochronie gatunkowej, a także Konwencji Ramsarskiej i Berneńskiej oraz Dyrektywie Rady Wspólnoty Europejskiej dotyczącej Ochrony Dzikich Ptaków. Jest gatunkiem zagrożonym w skali regionu Borów Tucholskich. Niezbyt licznie gniazduje w lasach, najczęściej wybiera stare drzewostany. Zamieszkuje lasy zarówno dębowe, mieszane, oraz iglaste; gniazduje w dziuplach. Obecnie w Parku Narodowym Bory Tucholskie dzięcioł czarny należy do grupy średnio licznych gatunków lęgowych.

Bielik Haliaeetus albicilla - duży ptak drapieżny (80 cm, rozpiętość skrzydeł 2,2 m). Bytuje na obszarach z wieloma zbiornikami wodnymi. Jest to ptak osiadły i częściowo wędrowny. Czasami koczuje dość daleko od terenów lęgowych. Poza sezonem lęgowym żyje zwykle samotnie, ale na zimowiskach można zobaczyć więcej ptaków na niewielkim obszarze. Bielik buduje duże gniazdo na wierzchołkach drzew, na konarach przy pniu. Od lutego do marca samica składa 1-2 kredowobiałe jaja. Pary wyprowadzają jeden lęg w roku a wysiadują jaja 40 dni. Młodymi opiekują się oboje rodzice, przez 90 dni na gnieździe i dalsze 30 dni poza nim. Żywią się dużymi rybami, ptakami wodnymi takimi jak łyski, perkozy i kaczki, a w okresie zimowym często ich pożywieniem jest padlina. Jest to gatunek ginący, znajdujący się w „Polskiej Czerwonej Księdze Zwierząt”. Podlega międzynarodowym konwencjom o ochronie zwierząt. Niezbędna jest jego pełna ochrona, w tym aktywna ochrona gniazd i zapewnienie spokoju na miejscach gniazdowania.