Celem ochrony przyrody nieożywionej jest:
- zachowanie naturalnych procesów i struktur geologicznych, geomorfologicznych, hydrologicznych oraz glebowych;
- renaturalizacja systemu hydrologicznego;
- przeciwdziałanie wzrostowi trofii oraz acydyfikacji gleb i wód (powierzchniowych i podziemnych);
- ochrona gleb przed erozją oraz depozytów trofu przed degradacją w przypadku wystąpienia zagrożeń.

Celem ochrony ekosystemów Parku jest:
- dbałość o zachowanie naturalnej różnorodności siedlisk oraz możliwie jak największej ich mozaikowości w Parku;
- zapewnienie właściwych warunków glebowych, wodnych, świetlnych i termicznych, ograniczanie oddziaływań antropopresyjnych;
- wspomaganie spontanicznych procesów sukcesyjnych,

a ponadto:

w ekosystemach leśnych:
- zapewnienie zbiorowiskom leśnym naturalnego i trwałego rozwoju;
- utrzymanie naturalnej różnorodności biologicznej i procesów ekologicznych w zbiorowiskach leśnych;
- wspomaganie naturalnej odbudowy składu gatunkowego, struktury wiekowej i przestrzennej drzewostanów w autogenicznych fitocenozach leśnych;
- ograniczanie niekorzystnych zjawisk i procesów w leśnych zbiorowiskach zastępczych;
- odnawianie drzewostanów zniszczonych przez czynniki szkodotwórcze.

w nieleśnych ekosystemach lądowych:
- zachowanie trwałości naturalnych zespołów roślinnych;
- zachowanie półnaturalnych ekosystemów łąkowych jako przejawu różnorodności biologicznej przyrody Parku;
- odtworzenie naturalnych zespołów roślinnych, z uwzględnieniem potrzeb ochrony siedlisk przyrodniczych, gatunków grzybów, roślin i zwierząt oraz ich siedlisk.

w ekosystemach wodnych:
- zapewnienie warunków umożliwiających funkcjonowanie ekosystemów wodnych (jezior i cieków) oraz wodno-bagiennych (torfowisk, młak, źródlisk, itp.) z uwzględnieniem tendencji ich rozwoju;
- stymulowanie wzrostu liczebności populacji rzadko spotykanych, ginących lub zagrożonych wyginięciem gatunków roślin i zwierząt;
- przywrócenie właściwej dla danego ekosystemu różnorodności gatunkowej ichtiofauny.

Celem ochrony gatunków grzybów i roślin oraz ich siedlisk jest:
- utrzymanie różnorodności gatunkowej i siedliskowej;
- utrzymanie i przywracanie siedlisk gatunków zagrożonych;
- przeciwdziałanie ekspansji gatunków obcych;
- przywracanie utraconych walorów florystycznych i fitocenotycznych.

Celem ochrony gatunków zwierząt i ich siedlisk jest:
- zapewnienie ciągłości występowania rodzimych gatunków zwierząt;
- zapewnienie warunków do wzrostu liczebności populacji gatunków rzadkich i zagrożonych wyginięciem;
- przywrócenie gatunków zwierząt, które na terenie Parku wyginęły w wyniku działalności człowieka;
- przywracanie właściwej struktury wiekowej i płciowej w populacjach dużych ssaków oraz utrzymanie liczebności tych zwierząt, niezagrażającej zaburzeniami w funkcjonowaniu biocenoz.

Celem ochrony krajobrazów jest:
- zachowanie, utrzymanie lub przywrócenie walorów widokowych i estetycznych krajobrazu;
- zachowanie istniejącej mozaiki łąk, pastwisk, pól uprawnych, lasów, zadrzewień, zakrzaczeń;
- kształtowanie i zachowanie lokalnego krajobrazu kulturowego.

Celem ochrony wartości kulturowych jest:
- przywracanie, zachowanie, utrzymanie i upowszechnianie wartości kulturowych Parku;
- utrwalanie tożsamości kulturowej obszaru Parku.