Na terenie Parku Narodowego „Bory Tucholskie” wyznaczono – zgodnie z art. 60 ustawy o ochronie przyrody – strefy ochrony ostoi oraz stanowisk roślin i grzybów objętych ochroną, a także strefy ochrony ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową.

Spośród gatunków roślin zinwentaryzowanych na terenie PNBT ochroną strefową objęta jest elisma wodna Luronium natans występująca w jeziorach: Wielkie Gacno, Małe Gacno, Nierybno i Małe Krzywce.

Na terenie PNBT występują również porosty, dla których wymagane jest ustalenie stref ochronnych ostoi lub stanowisk. Są to brodaczki: kędzierzawa Usnea subfloridana, kępkowa Usnea hirta i zwyczajna Usnea filipendula.

Wyznaczono również strefy ochrony ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania bielika Halietus albicilla oraz puchacza Bubo bubo.

Granice stref ochrony oznacza się w terenie tablicami z napisem, odpowiednio: "ostoja roślin", "ostoja zwierząt" albo "ostoja grzybów" i informacją: "osobom nieupoważnionym wstęp wzbroniony".

W strefach ochrony zabrania się:
1) przebywania osób, z wyjątkiem właściciela nieruchomości objętej strefą ochrony oraz osób sprawujących zarząd i nadzór nad obszarami objętymi strefą ochronną;
2) wycinania drzew lub krzewów bez zezwolenia wojewody;
3) dokonywania zmian stosunków wodnych, jeżeli nie jest to związane z potrzebą ochrony poszczególnych gatunków;
4) wznoszenia obiektów, urządzeń i instalacji.